Han pasado cinco pacíficos años, pero la tranquilidad se rompe con la llegada de Raditz, hermano de Gokuh y miembro de la raza galáctica de los Saiyajins Raditz está al servicio del tirano Freeza, y su trabajo consiste en la aniquilación total de razas y planetas. Su deseo es que su hermano se una a ellos, pero ante la negación de éste, rapta a su hijo (Son Gohan) para presionarle. Gokuh y Piccolo Jr. unen sus fuerzas y se enfrentan a Raditz, ganando la batalla... pero pagando un precio muy alto: la muerte de Gokuh.

Sin embargo, la amenaza no ha cesado, ya que Raditz avisa a sus compañeros antes de morir, que llegarán a la Tierra en un año, por lo que todos comienzan un duro entrenamiento. Piccolo Jr. asume la enseñanza del pequeño Son Gohan tras ver que oculta un gran poder, mientras el resto de protagonistas se entrenan con Mr. Popo en el Templo Divino. Mientras tanto Gokuh, en el otro mundo, consigue ser entrenado por un dios, Kaioh Sama, y sus ayudantes: Bubbles (un mono idiota) y Gregory (una luciérnaga rapidísima).

Tras un año de duro entreno, llegan los saiyajins, llamados Vegeta y Nappa, que resultan tener un poder realmente elevado. El desenlace del primer encuentro con Nappa deja con vida a Kulilin y Son Gohan, y sin correr la misma suerte Yamcha, Ten Shin Han, Chaoz y Piccolo Jr. que mueren inevitablemente mientras Gokuh se dirige a la Tierra al ser resucitado por el Dragón Shenron. Cuando Nappa se dispone a eliminar a Son Gohan, aparece Gokuh, que deja muestra de su entrenamiento en un primer enfrentamiento. Debido a la incompetencia de éste, Vegeta lo mata y se dispone a enfrentarse a Gokuh, deseoso de probar sus nuevas técnicas, como el Kaioh Ken o el Genkidama, y de vengar a todos sus amigos.

Tras una cruel batalla de poder a poder, en la que los dos agotan todas sus técnicas y ataques, sale victorioso Gokuh aunque ayudado por Yajirobee, Son Gohan y Kulilin. Gokuh perdona la vida de Vegeta y le permite huir en su cápsula, asombrando al personal.

Todos han muerto menos Gokuh, Gohan y Kulilin, y con la pérdida de Piccolo Jr. también han desaparecido las Dragon Balls. La última esperanza surge de la boca de Kulilin: viajar a Namek, el planeta natal de Kami Sama. Tras los ajustes de la Capsule Corp. en la nave original de Kami Sama, y mientras Gokuh se recupera de la batalla, Bulma, Kulilin y Gohan se embarcan rumbo a Namek, aunque sin saber que Freezer y Vegeta también se dirigen allí a por las Dragon Balls namekianas, ambos para conseguir la vida eterna.

Una vez están todos allí, se produce un peculiar juego del escondite en el que cada uno se mueve por su lado y consigue las bolas que puede, aunque Vegeta y Freezer consiguen aniquilar casi por completo a la raza namekiana. Gohan y Kulilin obtienen ayuda del jefe de Namek, Saichoro, que les cede su bola y despierta sus poderes interiores. Al mismo tiempo, un Gokuh recuperado parte hacia Namek en una nave especialmente preparada para su entrenamiento, y el resto de compañeros se entrenan con Kaioh Sama en el cielo. Freezer, que ve cómo sus siervos Zarbon y Dodoria son ineficaces ante Vegeta y compañía, recurre a sus mejores soldados: los Ginew Fokrientai (las Fuerzas Especiales de Ginew), para que arreglen la situación.

Tras la Llegada de éstos, Vegeta, Gohan y Kulilin no pueden hacer nada, y son derrotados con suma facilidad. En ese momento llega Gokuh, que deja constancia de su nueva fuerza derrotando a Recoom, Burtta y Jees, mientras Vegeta hace lo suyo matando a Ghourd y rematando a Burttla. Geere va en busca de Ginew para que se enfrente a Gokuh Con una técnica especial, Ginew intercambia su cuerpo con el de Gokuh y le deja malherido. Pero su alegría duraría poco, ya que todo volvería a la normalidad más tarde, con Ginew convertido en rana y Geere muerto a manos de Vegeta. Gokuh está de nuevo para el arrastre, y se debe recuperar en una máquina de la nave de Freezer, aunque muy lentamente. El tirano, que había reunido las 7 bolas, no sabia decir las palabras en el idioma namekiano, por lo que acude a ver al jefe de Namek. Vegeta duerme, y es el momento ideal para que Gohan, Kulilin y Dende (un niño namekiano al que salvaron de Freezer) invoquen al dragón, que les ofrece tres deseos El primero resucita a Piccolo y el segundo le transporta a Namek... pero cuando van a formular el tercero, Saichoro muere de vejez, causando la desaparición del dragón. Freezer, que se estaba midiendo con Neil, el sirviente de Saichoro, descubre lo que pasa y se dirige enfurecido al encuentro de Gohan y Kulilin. Piccolo acude al mismo lugar, y en su camino encuentra a Neil, que le ofrece la posibilidad de fusionarse con él y aumentar su poder. Así, se desencadena una batalla de todos contra uno, o sea : Vegeta, Piccolo, Gohan y Kulilin contra Freezer, que les sorprende con una serie de transformaciones.Llegado a su tercera y última transformación, Vegeta y compañía no tienen la más mínima posibilidad. La única alternativa es el despertar de Gokuh, que acude justo cuando Freezer acaba con la vida de Vegeta. La batalla a muerte entre Gokuh y Freezer no tiene cuartel, y el tirano sobrevive al último ataque de Gokuh. Tras esto, mata a Kulilin ante la mirada de Gokuh y Gohan, lo que produce el despertar del Super Saiyajin que Gokuh ocultaba en su interior.

La superioridad del nuevo Gokuh es total, pero Freezer ha programado la destrucción de Namek y Gokuh ordena a Gohan que coja a Piccolo (malherido por Freezer) y que huya con Dende y Bulma de inmediato. Tras ofrecerle a Freezer una oportunidad de cambiar de vida, Gokuh se va, y dejando al tirano a su suerte intenta marcharse antes de que el planeta explote. Una vez en la Tierra, las víctimas de Freezer son resucitadas gracias a las Dragon Ball, mientras Gokuh, que consiguió escapar a tiempo de Namek, sigue un entrenamiento en el planeta Yadrath...

Tras un año de paz, el mal vuelve a planear sobre la Tierra, ya que Freezer ha llegado al planeta (convertido en MechaFreeza) acompañado por su padre, King Cool. Advertidos de su presencia, Vegeta, Piccolo y compañía se reúnen en el lugar de su aterrizaje y piensan una estrategia cuando hace aparición un nuevo personaje. De aspecto humano y armado con una espada, derrota a Mecha Freezer y su padre con una facilidad pasmosa.

Tras esto, se dirige a Vegeta y los demás, rogándoles que esperen a que Gokuh llegue en ese instante para explicarles todo. Con la llegada esperada de Gokuh, el chico, de nombre Trunks le revela que viene de 20 años en el futuro, y que es el hijo de Vegeta y Bulma. En su tiempo, unos androides creados por el Dr. Gero comienzan a destruir el planeta, y todos sus amigos mueren, incluido el propio Gokuh, que fallecerá días antes a causa de una enfermedad. Para evitarlo, su madre construyó una máquina del tiempo, y así lograría avisarles a tiempo de la amenaza y de darle a Gokuh una medicina que le salvará de su destino. Dicho esto, Trunks volvió a su tiempo y los Guerreros Z comenzaron un duro entrenamiento para sobrevivir.

Los años pasan y los androides esperados hacen su aparición en el lugar y tiempo indicado por Trunks. Responden a los nombres de Nº 19 y Nº 20, y uno de ellos es el propio Dr. Gero. Gokuh es el primero en entablar la lucha (Yamcha ya ha dado cuenta de su poder), y por no tomarse adecuadamente su medicina, cae enfermo, cediendo el lugar a Vegeta, que consigue convertirse en Super Saiyajin ante la sorpresa de todos. Elimina a Nº 19 y Nº 20 logra escapar, momento en el que aparece de nuevo Trunks y les revela que no son esos los androides que él conoce del futuro. Todo se aclara cuando aparecen A17 y A18, los auténticos androides, que despiertan a un tercero, A16. Su misión inicial, y tras matar a su propio creador, es eliminar a Gokuh, así que parten en su búsqueda ignorando a los otros Guerreros Z que se hallaban delante.

Pero no serían ellos la mayor amenaza, sino Cell, un organismo creado por la computadora del Dr. Gero a partir de las cápsulas de los Guerreros Z y Freezer, que ha venido del futuro usando la misma máquina de Trunks. Ni Piccolo (fusionado con Kami Sama), Vegeta, Trunks, Kulilin o A16 podrán hacer nada contra él. Cell desvela que su objetivo es alcanzar la perfección total, y para ello ha viajado al pasado para absorber la infinita energía de A17 y A18.

Tras absorberlos finalmente, alcanza la perfección total, y en su felicidad le perdona la vida a Trunks y Vegeta, que se habían entrenado en la Sala del Espiritu y el Tiempo (donde un dia real es un año), decidiendo organizar el Cell Game, una especie de torneo para demostrarse (y demostrarles) su inmenso poder.

Gokuh se ha recuperado y junto a su hijo ha realizado también un entrenamiento en la sala del Espiritu y el Tiempo. Así, pasados diez dias desde el anunciamiento, todos se dirigen al lugar del encuentro, donde además de asistir Gokuh y compañía también hace acto de presencia Satan, el actual campeón del mundo de artes marciales, que destaca más por su fanfarronería que por su habilidad. Cell termina pronto con éste y se enfrenta a Gokuh que, tras dar la máximo de si mismo, comprueba que no tiene nada que hacer y se retira ante el asombro del público. Sin embargo antes de salir le da el relevo a Gohan, con la esperanza de comprobar algo que descubrió durante el entrenamiento.

Como Gokuh pensaba, tras sufrir un poco, Gohan alcanza el segundo nivel de Super Saiyajin y se muestra superior a Cell, que tras escupir a A18 decide morir destruyendo el planeta al hincharse para explotar. Gokuh se sacrifica una vez más teletransportándose con Cell al planeta de Kaioh Sama, en el otro mundo, donde los tres mueren.

Aun así Cell, que no ha sido dañado en su nucleo vital, vuelve a la vida más poderoso que antes, aunque por poco tiempo, ya que Gohan logra destruirlo con un Kame Hame Ha ayudado por la fuerza espiritual de su padre.

Por fin ha terminado la pesadilla, que se ha saldado con la triste muerte de Gokuh, y mientras Trunks vuelve a su tiempo, Mr. Satán es proclamado como ganador del torneo y los demás rehacen sus vidas...

Han pasado siete años desde la destrucción de Cell y la Tierra vive una época de paz total. Los protagonistas han podido comenzar por fin sus nuevas vidas: Bulma y Vegeta viven juntos, y Trunks tiene ya 8 años, Kulilin y A18 (ahora Nº 18) han tenido una hija. Gohan es ya un adolescente y va a la escuela Orange High School, aunque tiene un hermano, Son Goten, que nació poco después de la muerte de Gokuh; y finalmente Mr. Satan ha sido declarado héroe mundial, y sobre las ruinas del Cell Game se construyó una ciudad: Satan City. Gohan adopta una identidad secreta para combatir el crimen (primero como Golden Boy y luego como Great Saiyaman) y poco después conoce a Videl, la hija de Mr. Satan, con la que se prevé romance.

Acercándonos al 25 Tenkaichi Budokai, Gohan decide entrenar a Son Goten para que participe en la categoría junior, y descubre que posee un gran poder, mientras Vegeta hace lo propio con Trunks. Son Gokuh, gracias a Baba, aparece de nuevo ante las lágrimas de felicidad de todos, para participar, junto a otros nuevos personajes como Kaioh Shin, Kibito, Yamu y Spopobitch. Son Goten y Trunks se enfrentan en la final junior, y es el segundo el que vencerá, aunque no sin hacer una pequeña trampa.

Tras este minitorneo se inician los combates de verdad. El ambiente está un poco enrarecido a causa de la presencia de extraños contrincantes. Toda esta incertidumbre termina cuando en el cuarto combate que debería enfrentar a Kibito y Son Gohan. Este último es asaltado sorprendentemente por Yamu y Spopobich, que después de absorberle la energía mediante un extraño aparato, huyen del torneo. Gokuh y sus amigos, junto con Kaioh Shin, inician la persecución a la que se unirá más tarde Kibito y Son Gohan (tras recuperarse).

Durante la persecución los extraños personajes revelan sus verdaderas intenciones: Kaioh Shin es el dios de todos los dioses y está entre ellos porque el mago Babidi ha llegado a la Tierra con la intención de revivir al monstruo Majin Boo que hace siglos asoló parte de la galaxia. Su objetivo es impedir que el malvado hechicero cumpla sus fines.

La persecución termina en un descampado donde se encuentra la nave de Babidi, que se encuentra acompañado por un poderoso guerrero demonio conocido como Darbura. Cuando están a punto de alcanzar a Babidi, éste despierta de nuevo la parte mala que hay en Vegeta. Gokuh y el príncipe de los Saiyajins se enzarzan en una cruenta batalla mientras que Kaioh shin y Gohan intentan frenar al malvado hechicero. Mientras tanto, el 25 torneo tiene un desenlace sorprendente ya que el campeón resulta ser... ¡Mr Satan! (después de pactar con la A18 una jugosa cantidad de dinero por dejarse ganar). De vuelta a la nave, la energía desprendida en el combate entre Gokuh y vegeta, hace resucitar a Boo, que resulta ser un ser de aspecto más bien cómico, pero que deja fuera de combate en pocos minutos a Darbura, Gohan y Kaioh Shin. Vegeta, al darse cuenta de lo que sucede, noquea a traición a Gokuh y decide enfrentarse solo al monstruo. Ante la supremacía de Boo, a Vegeta no le queda otro remedio que sacrificarse en una gran explosión. Sin embargo Boo sobrevive gracias a su poder regenerativo.

Mientras Babidi y Boo recorren la tierra causando muerte y destrucción a su paso, Goten y Trunks se entrenan bajo la tutela de Gokuh para aprender la técnica definitiva que acabará con el monstruo: la fusión. Sin embargo a Gokuh se le acaba el tiempo de estancia el la Tierra debido a que gasta demasiada energía transformándose en Super Saiyajin nivel 3, mientras intenta retener a Boo. De vuelta al otro mundo se reencuentra con Gohan, que se ha trasladado a la tierra sagrada de Kaioh Shin Kai junto a Kaioh Shin y Kibito donde sigue un riguroso entrenamiento con la mítica Z sword. Allí conocerán al Kaioh Shin de hace quince generaciones, que se compromete a entrenar a Gohan a cambio de los favores de Bulma.

La fusión de Goten y Trunks da paso a un nuevo ser conocido como Gotenks que posee poder suficiente para derrotar al demonio. Pero cuando parecía que ya estaba todo solucionado, Boo recupera su antigua forma y engulle al viejo Boo dando como resultado un nuevo, poderoso y maquiavélico ser conocido como Super Boo. Todo esto es presenciado por un atónito Mr. Satan, que a raíz de la desaparición de Babidi aniquilado por Boo, harto de recibir órdenes había entablado amistad con el primer y rechoncho Boo. El nuevo Boo perdona la vida a Satan y se dirige raudamente al palacio de Dios en el que se encuentran todos nuestros héroes. Una vez allí demuestra su nuevo poder aniquilando de golpe y plumazo a casi la totalidad de la raza humana.

Tras una breve espera tiene lugar el enfrentamiento entre Gotenks convertido en Super Saiyajin 3 y Boo, pero cuando están a punto de vencer se termina el tiempo de fusion. Es entonces cuando Gohan hace acto de presencia, siendo muy superior a Boo, gracias a que le han aumentado las fuerzas. Pero el demonio Boo tiene muchos recursos y acaba engullendo a Gotenks y Piccolo. Esto hace que Gohan esté a punto de perder la vida, pero las sucesivas intervenciones de Ten Shin Han primero y de Son Gokuh más tarde evitarán la catástrofe. Aun así, su intento resulta ser en vano ya que poco después Son Gohan es absorbido por el monstruo Boo y deja a Gokuh solo. Este, que está vivo gracias al Kaioh de quince generaciones, tiene una solución para derrotar a Boo: la fusión con Vegeta (traido por Baba) mediante los pendientes de los Kaioh Shin. Tras dudar un poco lo hacen y surge Vegetto (Vegeta + Kakarotto). Este nuevo guerrero es mucho más poderoso que Boo, pero acaba siendo engullido. Sin embargo esto resulta ser una estrategia del mismo para liberar al resto de sus amigos del cuerpo de Boo. La pérdida de estos «huéspedes» (incluyendo al rechoncho Boo) supone una transformación más en Boo. El resultado es monstruo más pequeño pero a la vez más mortal, que sin pensarselo destruye la Tierra. Gracias a la intervención del nuevo Kaioh Shin, nuestros héroes salvan la vida, excepto Gohan, Piccolo, Goten y Trunks que acaban desapareciendo junto al planeta. Cuando todo parece solucionado, el pequeño Boo aparece en el Kaioh Shin Kai. Sin otra opción, Gokuh, Vegeta y el otro Boo, le plantan cara, acabando todo con un enorme Genkidama creado con la energía de al gente de la Tierra (que habían sido resucitados gracias a las otras Dragon Balls), Nuevo Namek e incluso el otro Mundo y canalizado en Gokuh.

Por enésima vez el bien triunfa, todo vuelve a la normalidad y, como ya viene siendo habitual, Mr. Satan se lleva toda la gloria.